综合计算工时制度的加班费计算：按照劳动部《关于企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制的审批办法》和《关于职工工作时间有关问题的复函》规定，综合计算周期内的总实际工作时间不应超过总法定标准工作时间，超过部分应视为延长工作时间并按《劳动法》第44第1款的规定支付工资报酬，其中法定休假日安排劳动者工作的，按《劳动法》第44第3款的规定支付工资报酬。而且，延长工作时间的小时数平均每月不得超过36小时。

不定时工时制度的加班费的计算：一般情况下，经批准实行不定时工作制的企业不需要支付加班费。但是应当注意，用人单位在法定休假日安排职工工作的，仍然应当按照不低于本人工资标准的300%支付加班费。

实行计件工资制度的加班费计算：实行计件工资的劳动者，在完成计件定额任务后，由用人单位安排延长工作时间的，应根据上述规定的原则，分别按照不低于其本人法定工作时间计件单价的150%、200%、300%支付其工资。